Teşhis ve tedavi amaçlı endoskopiler bölümde yer alan uzman hekimler tarafından yapılmaktadır. Ağızdan oniki parmak bağırsağına kadar görülen bölümlerde aynı zamanda dokudan örnek alınarak hastalıkların tanısına varılmaktadır. Boyama teknolojisi değişik yaraların sınırlarının belirlenmesinde ve biopsi yapılması gereken yaranın bulunmasında etkili olmaktadır. Bulgular patoloji uzmanları tarafından değerlendirilmektedir.

Bölümde her türde alt ve üst endoskopiler, sindirim sistemi kanamalarında acil müdahale ve injeksiyon tedavisi, varis kanamasında skleroterapi ve band ligasyonu, polipektomi, darlıklarda balon dilatasyonu, yabancı cisim çıkartılması, kansere bağlı ameliyat edilemeyen tıkanmalarda stent konulması, tanısal ve tedavi amaçlı ERCP, ve karaciğer biopsisi yapılabilmektedir.